乙肝患者病情已经进入肝硬化阶段，但是肝功能处于代偿期，一般属Child-Pugh A级（可有轻度乏力、食欲减退或腹胀症状，转氨酶可异常，但尚无明显肝功能失代偿表现。可有门静脉高压征，如脾功能亢进及轻度食管胃底静脉曲张，但无食管胃底静脉曲张破裂出血、无腹水和肝性脑病等）。此时属于早期肝硬化，如果患者化验检查乙肝病毒复制指标为阳性，抗病毒治疗依然有必要，并且很关键，因为病毒不断复制，往往是病情加重的直接因素。
     HBeAg阳性者（乙肝“大三阳”）患者的抗病毒治疗指征为HBV DNA ≥105拷贝/ml，HBeAg阴性者（乙肝“小三阳”）为HBV DNA ≥104拷贝/ml，转氨酶正常或升高。治疗目标是延缓和降低肝功能失代偿和肝癌的发生。使用的具体药物和方法为：1．拉米夫定   100 mg，每日1次口服。需长期应用，不能擅自中断，如果抗病毒效果良好，获得持续应答，病毒变异指标始终为阴性，需要长期服用。2．阿德福韦酯   10 mg，每日1次口服。可以首次选用，也可以用于使用拉米夫定治疗失败者，需长期应用。3.恩替卡韦   0.5mg，每日1次口服，可以首次选用，也可以用于使用拉米夫定治疗失败者，需长期应用。4.替比夫定    600mg，每日1片。5.拉米夫定、阿德福韦、恩替卡韦和替比夫定同属核苷类抗病毒药物，是不同时期的抗病毒治疗代表药物，都有共同的特点，例如抗病毒效力较强，使用期间没有明显副作用，但是也有同样的问题，就是疗程漫长，不能轻易停药，一旦停药有可能出现“反弹”和复发现象。5．干扰素   因其有导致肝功能失代偿等并发症的可能，应十分慎重。如认为有必要，宜从小剂量开始，根据患者的耐受情况逐渐增加到预定的治疗剂量。
    晚期肝硬化，也就是医学上说的失代偿期肝硬化，患者肝功能属Child-Pugh B、C级（常发生食管胃底静脉曲张破裂出血、肝性脑病、腹水等严重并发症。多有明显的肝功能失代偿表现，如血清白蛋白＜35g/L，胆红素＞35μmol/L，转氨酶不同程度升高，凝血酶原活动度 (PTA) <60%。此时进行抗病毒治疗并非抗病毒治疗的理想时机，但是如果患者肝脏炎症明显，肝功检查转氨酶、胆红素显著升高，可以尝试使用抗病毒治疗。治疗指征为HBV DNA阳性，肝功异常。治疗目标是通过抑制病毒复制，改善肝功能，以延缓或减少肝移植的需求，抗病毒治疗只能延缓疾病进展，但本身不能改变终末期肝硬化的最终结局。干扰素治疗可导致肝衰竭，因此，属禁忌证，不考虑使用。对于病毒复制活跃和炎症活动的失代偿期肝硬化患者，在其知情同意的基础上，可给予核苷类似物抗病毒治疗，以改善肝功能，但不可随意停药。一旦发生耐药变异，应及时加用其他已批准的能治疗耐药变异的核苷 (酸) 类似物，称为“挽救治疗”，例如拉米夫定变异，可以加用阿德福韦； 阿德福韦变异可以加用替比夫定等。
    肝硬化患者口服核苷类似物进行抗病毒治疗需要持续终身，这是因为：1.肝硬化患者病情需要。肝硬化标志着病情发展到较晚阶段，肝功基础已经非常脆弱，如果此时患者体内仍有大量乙肝病毒进行复制，势必会加重肝脏炎症进程，积极有效的抗病毒治疗，有利于延缓或阻断病情进展。2.目前抗病毒药物不能彻底杀灭乙肝病毒，但是可以起到有效遏制或抑制乙肝病毒复制，这种抑制作用必须一直坚持下去，一旦停药，病毒又会死灰复燃。3.病毒一旦死灰复燃，病情就有可能有一次巨大的波动，医学上称为“暴发性肝炎”，暴发性肝炎多发生在停药后3月~半年内,起病较急,主要表现为黄疸进行性加深,肝功能迅速恶化,胆红素升高以结合胆红素为主,这可能与病毒大量增殖并侵及小胆管上皮细胞,导致上皮细胞肿胀、坏死、脱落,堵塞小胆管有关。如果抢救不及时，有可能危及生命。4.口服核苷类似物进行抗病毒治疗，停药后引发病情加重是较为普遍的现象，也是该类药物的一个重要弊端，停药后引发的病情反复，可轻可重，多数患者病情反复表现较轻，主要为病毒复制指标转阳和转氨酶升高，只有少数患者出现较重的病情变化，但是对于肝硬化患者则不同，肝硬化患者本身免疫调节能力差，一旦停药引发的“撤药后肝炎”往往病情偏重，一旦演变为重症肝炎，可谓九死一生。因此，肝硬化患者进行抗病毒治疗，不能随便停药，如果使用的这种药物始终管用，不变异，就要一直用下去；一旦变异，就要进行挽救治疗，加用其他核苷类似物联合治疗。