受到 C 型肝炎病毒感染之後，潛伏期通常會持續 2 到 26 週。C 型肝炎的初始期稱為急性感染。急性 C 型肝炎通常在經過 2 到 12 週之後便告消退。不過，在初期感染 C 型肝炎病毒的患者當中，有高達 80% 到 85% 的人並沒有將病毒從體內排除，因此而變成慢性感染患者。大多數慢性 C 型肝炎的患者都沒有任何症狀，可以過著正常的生活。不過有 10% 到 25% 的慢性 C 型肝炎患者，其病情會在 10 到 40 年之內逐漸惡化。慢性 C 型肝炎病毒感染可能導致肝臟損壞、肝臟產生纖維化組織（纖維化）、肝臟內堆積脂肪（脂肪肝）、肝臟形成結疤（肝硬化）和肝癌。病情嚴重的患者可能需要進行肝臟移植。

    肝硬化是一種肝臟細胞受損或被殺死而被傷疤組織所替代的過程。大面積的瘢痕組織結構會妨礙血流通過肝臟，導致更多的肝臟細胞壞死和肝功能喪失。

代償性肝硬化是指肝臟大量結疤，但還可以執行大部份功能；代償性肝硬化的患者通常很少會有或根本毫無症狀。

代償失調性肝硬化是指肝臟嚴重結疤，而無法執行大部份的功能。代償失調性肝硬化患者經常出現併發症，例如﹕食道和胃部靜脈曲張（血管擴張和脆弱）、內出血、腹部積水和其他具有威脅生命的潛在性的病症。他們也可能會產生可逆性的精神錯亂。

    肝癌通常是在 C 型肝炎感染末期發展而成，一般來說需要經過 25 到 30 年。由感染 C 型肝炎所引發的肝癌稱為原發性肝癌 (HCC)。